Capavenir est administrée par un Conseil communautaire composé de 21 membres titulaires et 21 suppléants représentant les Communes membres et désignés au sein de leurs Conseils municipaux. Le Conseil se réunit cinq à six fois par an pour prendre les décisions importantes concernant les orientations budgétaires, les projets et le fonctionnement de la Communauté de communes.

Le Conseil a désigné parmi ses membres un bureau chargé de la gestion quotidienne de la Communauté de communes, de la mise en oeuvre et du suivi des actions. Les dossiers sont préalablement instruits et étudiés par des Commissions de travail comprenant des délégués communautaires et des Conseillers municipaux des Communes membres. Voir l'organigramme.